Siempre podrás hacer retiro de las inversiones de tu Junior. Recuerda que el único requisito para hacerlo es que ambos padres estén de acuerdo.
Respecto de los temas tributarios, si haces un retiro, este se informará al SII como un movimiento del padre o madre que se defina como tutor. Este es un requisito para que las cuentas Junior no se presten para movimientos que apunten a evadir/eludir impuestos.